注文QRを印刷するプリンタを、注文QRごとに変更することはできますか？

できます。

【管理画面での設定】
注文QRを印刷するプリンタを、注文QRごとに選択することができます。
① [店舗管理] – [注文QR]にて、対象の注文QRを選択します
② [オプションを設定する]をタップします
③「この注文QRを印刷するプリンタ」から、印刷したいプリンタを選択します
④ 設定に問題がなければ、[保存する]をタップしてください