お会計レシートにインボイスの登録番号を印字できますか？

できます。

以下の設定方法で、インボイスの番号をご登録ください。
※POS連携を使用してお会計処理をされている店舗様におきましては、お手数ですが、各POSメーカー様へお問い合わせください。

【管理画面での設定】
①[設定]-[店舗設定]を開きます。
②「適格請求書発行事業者の登録番号」の欄に番号をご入力いただき、[保存する]を押下ください。