小盛りなどマイナス料金の商品オプションは設定できますか？

できます。

【管理画面での設定】
① [商品管理] – [商品一覧]より対象商品を作成または編集します
② オプション価格の先頭に「 -（マイナス）」を指定して料金を入力します
例：50円値引きの場合 → 「-50」