イートインとテイクアウトを併用できますか？

できます。

【管理画面での設定】
① テイクアウト用の商品とカテゴリを作成してください
② 次にテイクアウト用の注文QRを新しく作成します
③ 新しく作成したテイクアウト用の注文QRの編集画面を開き、[オプションを設定する]をタップしてオプションを表示します
④ [この注文QRでテイクアウトモードを使用する]にチェックを入れます

⑤ [この注文QRで表示させるカテゴリ]にて、注文画面に表示したいカテゴリを選択します
※ イートインでテイクアウト商品を非表示にしたい場合は、テイクアウト用カテゴリ以外を各注文QRへ設定してください

⑥ [この注文QRを印刷するプリンタ]にて、出力したいプリンタ先を選択します
⑦ [保存する]をタップすると設定は完了です

イートインを利用せず、テイクアウト・小売でのみで利用される場合は、以下をご参照ください。
（関連記事）テイクアウトで利用することはできますか？

消費税の設定については、以下をご参照ください。
（関連記事）消費税（イートイン10%／テイクアウト8%や海外対応）の変更はできますか？